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GENSCALE (Scalable, Optimized and Parallel Algorithms for Genomics)

Effectif total : 36

Les recherches de l'équipe GenScale se concentrent sur les traitements des données génomiques à grande échelle. D'un point de vue informatique, il s'agit de concevoir des algorithmes qui optimisent les temps d'exécution, qui minimisent l'espace mémoire et qui se déploient sur des calculateurs parallèles.

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RENNES

M. Lavenier Dominique

02 99 84 72 17

dominique.lavenier@irisa.fr

https://team.inria.fr/genscale/

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Nos domaines de recherche

Expertises

Bio-informatique :
Comparaison de séquences :annotation à grande échelle, analyse de données métagénomiques
Comparaison de génomes :locale : recherche de variants (SNPs, indels, ...)
globale : génomique comparative
Comparaison de structures : classification de familles protéiques

Equipements spécifiques

Plate-forme GenOuest Modifier

Secteurs d'applications

  • Agroalimentaire
  • Biologie / Biotechnologies
  • Santé

Effectif total : 36

dont

  • Nombre de chercheurs :
  • Nombre de doctorants :
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Mots-clés

bioinformatique, genomique, parallelisme, scalabilité, optimisation Modifier

Nos résultats

Publications

http://www.inria.fr/equipes/genscale/%28section%29/publications

Exemples de travaux

Genscale a assemblé les 400 millions de paires de bases du génome de la framboise
sur un simple Raspberry Pi, un mini-ordinateur disposant seulement de 512 Mo de Ram.
Objectif de cette performance : démontrer le très peu de mémoire vive nécessaire à la nouvelle
génération de logiciels mis au point par Genscale et mise à disposition des biologistes dans
la boite à outils GATB

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Relations industrielles et scientifiques

Collaborations privées par type d’entreprise

- France :
- International : Fasteris, GQ Life Sciences

Collaborations scientifiques

- France :
- International : University of Chile, Santiago, Chile
Colorado State University, USA
CWI, Algorithmic Computational Biology, Amsterdam, Netherlands
Sofia University, Bulgaria
Federal University of Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil Laboratório Nacional de Computação Científica, Petropolis, Brazil
Dept. of Mathematics, Statistics and Scientific Computing, UNICAMP, Campinas, Sao Paulo, Brazil
- Projets européens : Modifier

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